Die Handlung spielt in dem Jahre 1997, im Dr. Proton mit Hilfe einer Horde selbstgezüchteter Techbots die Weltherrschaft und eine neue Gesellschaftsordnung anstrebt. Der einzige, der ihn nun noch aufhalten kann, ist Duke Nukum, angeheuert und ausgestattet vom CIA. Die Story ist aufgeteilt in drei Episoden mit jeweils 10 Levels.

• Shrapnel City - Shrapnel City ist die größte Stadt der Erde und bereits vollkommen unter der Kontrolle von Dr. Proton. Nachdem Duke sich durch die Stadt gekämpft hat, kommt es zu dem Endkampf, an dessen Ende Dr. Proton von der Erde flieht und auf seine Mondbasis flüchtet.

• Mission: Moonbase - Duke Nukum folgt seinem Feind nun auf den Mond, schlägt sich wider zahlreiche Techbots und trifft abermals auf Dr. Proton, der nun durch seine Zeitmaschine flüchtet.

• Trapped in the Future - Auch Duke springt in die Zeitmaschine und hat in der Zukunft nun mit einer noch größeren Anzahl an Techbots zu kämpfen. Nachdem er den Endkampf gemeistert und den Widersacher in das Jenseits befördert hat, ist die Mission erfüllt.

Apogee Software hat die erste Episode als Shareware freigegeben, die beiden letzten kommerziell vermarktet. Als 1996 Duke Nukem 3D erschien, war Duke Nukum als Vollversion auf der CD-ROM-Ausgabe zu finden.

• dosgamesarchive.com (http://www.dosgamesarchive.com/download/game/106) - Download der Sharewareversion